I sitt arbete som kyrklig ledare betonade Hellsten de kristna lekmännens deltagande i kyrkans arbete och konfirmandundervisningens problem. Som ordförande i Svenska missionssällskapet kyrkan och samerna ledde han arbetet med att organisera Samernas folkhögskola i Jokkmokk.

Hellsten innehade också olika uppdrag inom den europeiska kyrkliga ekumenikens område.
Stig Hellsten avled i Umeå 1999.